Este documento especifica un método para la cuantificación del porcentaje de proteínas de la leche de diferentes especies (vaca, oveja, cabra) en muestras de queso de mezcla. El porcentaje de proteína de cada especie se determina mediante la separación, identificación y cuantificación de un conjunto de péptidos proteotípicos de proteína y especie mediante técnicas de análisis proteómico dirigido, que combina la utilización de nano-cromatografía líquida acoplada a equipos de espectrometría de masas. Los resultados se expresan en valores de porcentaje de proteína de cada especie (%). El método permite cuantificar en un rango entre 2 y 100 % con un límite de detección de 0,5 % de leche de vaca y oveja y un 1 % de leche de cabra. El método se aplica a quesos frescos o quesos madurados, elaborados a partir de leche cruda o pasteurizada de vaca y/o leche de oveja y/o leche de cabra, con excepción de aquellos quesos que hayan sido madurados con moho.